Фамилия Козлипупкин — редкий случай, когда состав прозвища, лёгшего в основу, прозрачен настолько, что вызывает улыбку, но при этом ставит в тупик исследователя. В ней отчётливо слышны две части: «козли-» и «-пупкин». Первая часть, скорее всего, восходит не к самому козлу, а к прилагательному «козлиный» — то есть принадлежащий козлу. Вторая часть — «пупкин» — образована от слова «пупок» или «пуп». Соединение этих основ даёт прозвище, которое могло относиться к человеку с заметной, возможно, выпяченной или необычной формой живота, которую в шутку сравнивали с козлиной.

Однако здесь есть важный нюанс. Если бы прозвище звучало как «Козлопупок» или «Козий Пупок», всё было бы логично. Форма «Козлипупкин» выглядит как искусственное сращение, которое могло возникнуть в результате шутливого переосмысления или даже канцелярской ошибки. В русской ономастике известны фамилии, образованные от прозвищ по частям тела (Губа, Нос, Лоб), но соединение двух корней в таком виде — большая редкость. Скорее всего, исходное прозвище было двусловным: «Козий пуп» или «Козлиный пуп», а при оформлении фамилии по модели на -ин (как Пупкин) слова слились в одно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Козлипупкин — это «сын Козлипупка» или «человек из рода Козлипупкиных». Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где активно использовались прозвищные формы. В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с таким нелепым прозвищем в исторических документах не встречаются.

География фамилии крайне узкая. По данным переписей и телефонных справочников, Козлипупкины концентрируются в нескольких сёлах и деревнях на стыке Тверской и Новгородской областей, а также единично встречаются на Урале — вероятно, результат переселения после отмены крепостного права. За пределами России фамилия практически не фиксируется.

Альтернативная версия, связывающая фамилию с названием насекомого или растения, несостоятельна: ни «козлипупка», ни «козлипуп» в русских говорах не зафиксированы. Очевидно, что перед нами именно прозвищная фамилия, созданная народной фантазией. Её необычность — не повод для насмешки, а свидетельство того, насколько изобретательно и прямо могли прозвать человека в русской деревне.