Фамилия Козодоенко образована от мирского имени Козодой, которое, в свою очередь, восходит к названию птицы козодой. Эта неприметная птица известна своим своеобразным пением: самец, сидя на суку сухостойного дерева, с заката до рассвета выводит сухую монотонную трель «рьрьрьрьрь», слышную на расстоянии до километра.

Почему же человеку давали прозвище в честь ночной птицы? В дохристианской традиции имя Козодой относилось к «охранительным» именам. Считалось, что, называя ребенка в честь животного или птицы, родители «передают» ему часть природных качеств, а главное — делают его «своим» для сил природы, пряча от злых духов. В отличие от многих «птичьих» фамилий, образованных от промысловых названий (Соколов, Ястребов), Козодой — имя-оберег, а не указание на занятие предка.

Фамилия Козодоенко построена по типичной украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был распространен в Поднепровье и на Левобережной Украине. Первоначально этот суффикс означал «маленький» или «сын» (Козодоенко — сын Козодоя), а со временем закрепился как фамильный. Такая форма указывает на украинское происхождение рода, в отличие от русских фамилий на -ов (Козодоев), которые могли бы возникнуть от того же прозвища.

Само название птицы «козодой» — народное, связанное с поверьем, будто птица ночью доит коз, присасываясь к вымени. На деле козодой охотится на насекомых, которые вьются возле скота, но именно эта легенда и дала птице, а затем и фамилии, такую запоминающуюся основу.