Фамилия Крахмальников образована от профессии или ремесла. В её основе лежит слово «крахмальник» — так в XIX веке называли мастера, который занимался крахмалением тканей или изготовлением крахмала. В быту крахмальщиками могли называть и тех, кто варил крахмал из картофеля или зерна, и тех, кто накрахмаливал бельё и одежду в прачечных или красильных заведениях.

Суффикс -ник в слове «крахмальник» типичен для названий лиц по роду занятий (ср. «сапожник», «печник», «мельник»). Фамилия же образована по стандартной патронимической модели: к основе «Крахмальник» добавили суффикс -ов, означающий принадлежность. Таким образом, Крахмальников — это «сын крахмальника» или «потомок того, кто работал с крахмалом».

Обращает на себя внимание суффикс -ов, а не -ин, хотя основа оканчивается на согласный. В русской ономастике фамилии на -ов обычно образуются от основ на твёрдый согласный, и здесь всё логично: «Крахмальник» даёт «Крахмальников». Если бы в основе было слово «Крахмальня» (мастерская), фамилия могла бы звучать как Крахмальнин, но этого варианта в источниках не зафиксировано.

Эта фамилия встречается реже, чем, например, Крахмалёв или Крахмальцев, что косвенно указывает на её более позднее происхождение — скорее всего, вторая половина XVIII — XIX век, когда фамилии активно закреплялись у крестьян и мещан. Географически Крахмальниковы рассеяны по центральной России и Поволжью, но заметного скопления в одном регионе нет.

Споров о происхождении здесь почти не возникает: корень прозрачный, суффикс ясный. Единственная альтернативная версия — что фамилия могла возникнуть от прозвища Крахмаль, данного человеку за пристрастие к крахмальной одежде или за бледный, «крахмальный» цвет лица. Но это лишь догадка, не подкреплённая письменными источниками.