Фамилия Крашениникова принадлежит к числу так называемых «ремесленных» фамилий, образованных от названия профессии. Её основа — слово «крашенина» (или «крашеник»). Так в старину называли крашеный, набивной холст — простую, домотканую материю, которую окрашивали в домашних условиях. Соответственно, крашениником, а позже крашениновым мастером называли человека, который занимался окрашиванием тканей или торговал крашениной.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов (-ев), указывающим на принадлежность: «Крашениников» — буквально «сын Крашениника». Женская форма Крашениникова, таким образом, означает «дочь или жена Крашениникова».

Интересно, что в основе лежит не столько глагол «красить», сколько конкретный продукт — крашенина. Это сближает фамилию с такими однокоренными, как Крашенинников, Крашенинин, Крашенинов. Вариант с двойным «нн» (Крашенинников) более распространён и встречается чаще, но форма с одним «н» (Крашениников) — не ошибка, а исторически сложившийся вариант, возможно, связанный с диалектным произношением или более ранним написанием слова «крашенина» (через одно «н»).

В дореволюционной России подобные фамилии чаще всего получали крестьяне и посадские люди, то есть выходцы из непривилегированных сословий. Крашениниковы редко встречались среди дворянства. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где было развито домашнее ткачество и кустарное крашение. Встретить Крашениниковых можно было в Вологодской, Костромской, Ярославской, а также в Пермской губерниях.