Фамилия Краснобокова образована от мужского варианта Краснобоков. В её основе лежит прозвище Краснобокий — так могли назвать человека с ярким румянцем, рыжей бородой или, что вероятнее, человека, носившего красную одежду сбоку (например, кафтан с красной подкладкой или пояс). В русских говорах «красный» означало не только цвет, но и «красивый», «парадный», поэтому прозвище могло относиться к щеголю или человеку, выделявшемуся нарядом.

Модель типична для русских фамилий: прилагательное + суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Краснобоков). Окончание -а в женском варианте — грамматическая форма, а не особенность происхождения.

Фамилия редкая. Согласно данным переписей и телефонных справочников, основная зона её бытования — Поволжье и Урал, особенно Пермский край и Удмуртия. Это косвенно указывает на возможную связь с местными говорами: в пермских диалектах «краснобокий» фиксировалось как прозвище для человека с красным лицом от мороза или работы у горна.

В отличие от фамилий типа Краснов или Краснопёров, где корень «красн» встречается часто, Краснобоков держится на конкретном зрительном образе — бок, сторона. Это делает фамилию «говорящей»: предок получил кличку по заметной внешней черте, а не по профессии или отчеству. В документах XVII–XVIII веков похожие прозвища (Краснобрюхов, Красноглазов) встречаются среди крестьян и посадских людей — сословной элиты среди носителей таких фамилий не было, это стопроцентно крестьянская или мещанская среда.

Вариант с буквой «а» на конце (Краснобокова) — естественная женская форма, но в современных базах данных она встречается чаще мужской, что говорит о большей сохранности фамилии по женской линии. Никаких альтернативных версий (от тюркских корней или географических названий) у этой фамилии нет — она насквозь славянская и прозрачная по смыслу.