Фамилия Краснушкины образована от прозвища Краснушка. Основа — прилагательное «красный», которое в древнерусском языке означало не только цвет, но и «красивый», «хороший», «парадный». В вятских говорах Краснушкой называли румяного человека — того, у кого лицо было красным от здоровья, мороза или смущения. Прозвище могло также указывать на добрый нрав: «красный» в переносном смысле — пригожий, славный, достойный.

Фамилия построена по модели, типичной для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Краснушки». Это одна из самых распространённых словообразовательных схем в русских фамилиях, наряду с -ов/-ев. Форма множественного числа «Краснушкины» встречается реже, чем единоличная «Краснушкин», и обычно закреплялась за целой семьёй или династией в документах переписей.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и независимо в разных регионах — не только в Вятке, но и в южнорусских землях, где «краснушкой» иногда называли гриб-подосиновик или растение с яркими плодами. Однако прозвищное происхождение от внешности выглядит правдоподобнее: слишком уж прямолинейна связь с румянцем, чтобы быть случайной.

В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), Краснушкины — пример «мирского» прозвища, которое закрепилось в быту и перешло в официальную фамилию уже после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Точное время и место возникновения фамилии установить без архивных поисков сложно, но её корни уходят в народную культуру, где меткое слово часто становилось родовым именем.