Фамилия Краснышов — редкий пример, где основа спорит с суффиксом. Если бы фамилия звучала как Краснышев, её без колебаний возвели бы к прозвищу Красныш — «красненький», «румяный», «красивый» (от древнерусского «красный» в значении «красивый»). Но суффикс -ов указывает на иную модель: в русских фамилиях притяжательные суффиксы -ов/-ев присоединяются к основам на согласный, а к мягким основам на -ь и -й обычно добавляют -ев. Прозвище Красныш дало бы Краснышев. Краснышов же выглядит так, будто исходное слово — Красныш, но с утратой мягкости, либо оно образовано от другой формы.

Правдоподобнее всего, что в основе лежит не прозвище, а топоним или название жителя по месту. В русских говорах «красныш» могли называть человека из села Красное или урочища Красный. В таком случае суффикс -ов просто фиксирует принадлежность: «сын Красныша», то есть выходца из Красного. География фамилии это подтверждает: Краснышовы встречаются в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской, где много топонимов с корнем «красн-».

Есть и более прозаичная версия. В документах XVII–XVIII веков встречается мирское имя Красныш — уменьшительное от «красный» в значении «молодец», «красавец». Такие имена давали детям как пожелание. Но тогда фамилия должна была писаться через -ев. Возможно, в некоторых говорах конечный -ш произносился твёрдо, и на письме закрепился вариант с -ов. Это не редкость: фамилии вроде Гладышов (от Гладыш) фиксируются наряду с Гладышев, хотя второй вариант нормативнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает. Краснышев — более частый и «правильный» вариант, он есть в списках дворянских родов и купечества. Краснышов — его патронимический дублет, который мог возникнуть в крестьянской среде, где грамота была невысокой, а писарь записывал на слух. Так что, скорее всего, предки носителя фамилии Краснышов — люди из сельской местности, возможно, переселенцы из сёл с названием Красное, получившие прозвище по месту выхода. Фамилия не дворянская, не купеческая, а типичная крестьянская, и её редкость объясняется тем, что она — вариант более распространённой формы.