Фамилия Краугер — это, скорее всего, фонетический вариант широко известной немецкой фамилии Крюгер (Krüger, Kruger, Krueger). В основе лежит немецкое слово Krüger, которое буквально переводится как «хозяин таверны, кабатчик, трактирщик». В старину таверной или трактиром называли придорожную гостиницу с харчевней, так что прозвище относилось к «профессиональным» именованиям, указывавшим на род деятельности. Значит, основатель рода Краугер мог быть владельцем постоялого двора, трактира или просто содержал питейное заведение.

Переход немецкого «Крюгер» в «Краугер» объясняется особенностями произношения и записи фамилии в новой языковой среде. Когда носители фамилии переселялись в регионы с иной фонетикой (например, в Россию или Прибалтику), звук [y:] (ü) часто заменялся на более привычный дифтонг [au] — так и появился вариант Краугер.

Есть и другая версия, менее распространённая. Согласно ей, Краугер — это фонетический вариант фамилии Грахер, восходящей к немецкому прозвищу из двух корней: Grau («серый, седой») и Her («владелец»). В этом случае прозвище могло отражать внешность предка — например, седые волосы, — и означало «седой хозяин» или «владелец серого (дома, скота)». Однако первая версия — от «кабатчика» — выглядит правдоподобнее: она проще и встречается в ономастике чаще, так как фамилии от названий профессий составляют огромный пласт немецких родовых имён.