Фамилия Крчагина — женская форма фамилии Крчагин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или ремеслом. В основе лежит слово «крчаг» — это диалектный вариант слова «корчаг» (большой глиняный горшок или кувшин). В русских говорах, особенно в южных и центральных регионах, буква «о» в безударном положении могла редуцироваться или заменяться на «а», а иногда и вовсе выпадать, что дало форму «крчаг». Таким образом, фамилия Крчагин образована по типичной модели «прозвище + суффикс -ин»: сначала человека прозвали Крчаг (например, за то, что он делал или продавал корчаги, либо за внешнее сходство с большим горшком), а его потомки стали Крчагиными.

Словообразовательный разбор показывает, что суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Крчагин». Это одна из древнейших моделей русских фамилий, характерная для прозвищ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин закреплялся за основами на мягкий или шипящий, а также за существительными женского рода или уменьшительными формами. Здесь же основа «крчаг» — мужского рода, но фонетически она воспринималась как оканчивающаяся на шипящий (г → к), что и дало суффикс -ин.

География фамилии узкая. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также Украина. В переписных книгах XVII–XVIII веков такая фамилия не фиксируется массово, что говорит о её позднем закреплении: скорее всего, она оформилась уже в XIX веке среди крестьян и ремесленников. Встречаются варианты написания: Корчагин (гораздо чаще) и Крчагин (редкий, диалектный). Фамилия Крчагина, таким образом, — это не искажение, а живая запись местного произношения, которую сохранили в документах.

Единственная правдоподобная версия — ремесленная. Предок носителя фамилии мог быть гончаром, который делал корчаги, или торговцем, который их возил. Альтернативная гипотеза (от тюркского «кырчак» или «крчак» — «кремень», «крепыш») не выдерживает критики: в русской ономастике нет примеров перехода тюркских основ в фамилии через суффикс -ин с таким фонетическим обликом, а сама фамилия не встречается в татарских или башкирских родах. Поэтому без сомнений: Крчагины — потомки гончаров или горшечников.