Фамилия Крещёнкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а церковное таинство. Её ядро — слово «крещение», а точнее, его краткая форма «крещён». Человек, которого в быту называли Крещён, мог быть крещёным в зрелом возрасте (например, татарин или калмык, принявший православие) или же родиться в семье, где это событие стало настолько значимым, что закрепилось как именование. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Крещёнкин буквально означает «сын (или потомок) Крещёна».

Образование фамилии типично для северных и центральных областей России, где был распространён суффикс -ин/-кин. В южных регионах скорее появился бы вариант Крещёнков, но он встречается реже. Интересно, что фамилия не имеет отношения к священническому сословию: поповские фамилии обычно образовывались от названий храмов или церковных праздников (Рождественский, Успенский). Крещёнкин — это народная, крестьянская фамилия, возникшая в среде, где личное прозвище могло заменить фамилию на несколько поколений.

Есть и другая, менее вероятная версия: от имени Крещён — уменьшительной формы от Крещентий (латинское Crescentius, «растущий»). Это имя встречалось в святцах, но было редким, и в крестьянской среде его почти не давали. Поэтому версия с прозвищем по обряду крещения выглядит убедительнее.

В документах фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где активно шло обращение в православие местных народов. В метрических книгах можно найти Крещёнкиных среди государственных крестьян и бывших монастырских. К началу XX века фамилия оставалась малочисленной и не вышла за пределы Урало-Вятского региона, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Крещёнкин, ваши корни почти наверняка ведут в те края.