Фамилия Крещенников — редкий случай в русской ономастике. Её основа — не имя и не профессия, а церковный праздник Крещение Господне (Богоявление). Но напрямую от названия праздника фамилию не образовали: между ними стоит прозвище или мирское имя Крещенник, то есть человек, рождённый в день Крещения или на Крещенском сочельнике. Такая модель типична для русских фамилий на -ник: Сретенников (от Сретения), Рождественников (от Рождества), Благовещенников (от Благовещения).

Суффикс -ов в Крещенников указывает на принадлежность: «сын Крещенника». Морфология здесь необычна: наращение -н- перед суффиксом (Крещенник → Крещенников) встречается нечасто, чаще фамилии звучат как Крещенский или Крещенцев. Такая форма могла закрепиться в северных или центральных говорах, где любили полные прозвищные формы.

По сословной принадлежности Крещенниковы, скорее всего, крестьяне или церковнослужители. Фамилия не дворянская и не купеческая — в родословных книгах она не встречается. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале: в метрических книгах XIX века Крещенниковы записаны в Саратовской, Самарской и Пермской губерниях. Это косвенно подтверждает народное происхождение — праздник Крещения в этих краях отмечали особенно широко, и прозвище по дню рождения было естественным.

Любопытно, что фамилия Крещенников не имеет ничего общего с фамилией Крещенский или Крещенцев, которые могли даваться детям, крещённым в храме в честь Богоявления. Крещенников — именно прозвище по дню появления на свет, а не по обряду.