Фамилия Кручененко образована по типичной для украинской ономастики модели: к основе добавляется суффикс -енко. В буквальном смысле это «маленький Крученый» или «сын Крученого». В XVII–XIX веках такое окончание в украинских землях (особенно на Левобережье и Слобожанщине) указывало на происхождение отца, а со временем закрепилось как наследственная фамилия.

Основа фамилии — прозвище Крученый. В народной речи так могли называть человека по нескольким причинам. Самая вероятная — по внешности или характеру: кудрявого, с вихрастыми волосами, либо, напротив, изворотливого, хитрого, «крученого» в переносном смысле. В русских говорах слово «крученый» также означало «суетливый», «вертлявый» — прозвище могло закрепиться за непоседой.

Менее распространённая версия связывает прозвище с ремеслом. Кручением на Руси называли скручивание нитей, верёвок или жгутов. Предок Кручененко мог быть канатчиком или веревочником — занятие это было распространённым в сёлах, где выращивали коноплю и лён. Однако для версии с ремеслом чаще встречаются фамилии с суффиксами -ник (Крутильников), так что прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия Кручененко встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных регионах России (Белгородская, Воронежская области). В этих краях пересекались украинская и русская традиции именования, и суффикс -енко прижился прочно. В русских переписных книгах XVIII века такую фамилию могли записать через «о» — Кручененков, но украинский вариант сохранил исходную форму.

Любопытно, что у этой фамилии есть «родственники» с той же основой: Крученых, Крученый, Крученко. Последняя — ещё один вариант украинского образования, только без дополнительного суффикса -ен-. Кручененко же стоит в ряду фамилий, где прозвище отца было настолько ярким, что его «увеличили» двойным оформлением, подчеркнув принадлежность к роду.