Фамилия Крученко — типичный пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок». Буквально: «сын Кручени». Основа фамилии — прозвище Крученя, а вот его значение неоднозначно, и здесь есть два основных объяснения.

Первая, самая прямая версия: прозвище дали по внешности. «Крученый» на старорусском и украинском диалектах — скрученный, искривлённый. Так могли назвать сутулого человека или того, кто ходил сгорбившись. Вторая версия не менее правдоподобна: «крученя» — кучерявый, кудрявый. Кручёные, вьющиеся волосы — самая яркая примета, которая легко закреплялась в прозвище. Оба значения бытовали в народной речи, и какое из них легло в основу конкретной фамилии, теперь не установить — возможно, и то и другое, в разных родах.

Сама словообразовательная модель с суффиксом -енко характерна для Поднепровья, Левобережной и Слободской Украины. Фамилии на -енко массово фиксируются с середины XVII века в реестрах казацких войск и переписях. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где суффикс указывал на принадлежность (чей?), украинский -енко подчёркивал прямое родство: «малый Крученя», то есть его сын.

Интересно, что фамилия Крученко не имеет отношения к глаголу «крутить» в значении «вертеть» или к ремеслу кручения верёвок — это было бы прозвище Крутильник или Крутило. Здесь именно прилагательное в роли прозвища, описывающее статичный признак человека.

По сословной принадлежности предки Крученко скорее всего относились к казачеству или крестьянству — фамилии на -енко редко встречались у шляхты, которая предпочитала фамилии на -ский/-цкий. В документах XIX века носители фамилии встречаются в основном в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях.