Фамилия Кручинин образована от прозвища Кручина. В основе лежит нарицательное «кручина» — грусть, тоска, печаль. В старину на Руси говорили: «От кручинушки кудри секутся», «Кручина сердце гложет». Скорее всего, такое прозвище давали человеку с меланхоличным складом характера или тому, на чью долю выпало много лишений. Со временем потомки человека по прозвищу Кручина стали носить фамилию Кручинины.

Модель образования здесь простая и распространённая: к основе на -а добавляется типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кручины). Это одна из самых частых моделей для фамилий, произошедших от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что прозвище Кручина могло иметь и охранительную функцию: нарекая ребёнка «печальным», родители как бы обманывали злые силы, желая ему на самом деле счастливой судьбы. Фамилия встречается в центральных и южных регионах России, особенно в бывших вотчинах служилых людей, где прозвища закреплялись в документах XVI–XVII веков.