Фамилия Крячкина — женская форма мужской фамилии Крячкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Крячка. Основа здесь — глагол «крякать» или существительное «кряква» (вид утки). В русских говорах слово «кряч» или «крячка» могло означать не только птицу, но и человека с хриплым, сиплым голосом, похожим на утиное кряканье. Прозвище Крячка давали либо охотнику, подражавшему утке, либо просто обладателю характерного тембра голоса.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от названий домашних животных (Гусев, Петухов), Крячкин отсылает к дикой птице. Это может указывать на род занятий предка — например, промыслового охотника на водоплавающую дичь. В центральных и южнорусских губерниях, где охота на уток была распространена, такие прозвища встречались чаще. Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Крячкин, то есть сын или потомок Крячки.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «кряк» — в некоторых говорах так называли скрипучее дерево или старую, рассохшуюся вещь. Тогда прозвище могло относиться к человеку, который всё делал медленно и со скрипом. Однако эта гипотеза слабее: утиная основа встречается в фамилиях гораздо чаще (сравните Уткин, Селезнёв, Чирок), а глагольная семантика «крякать» более прозрачна для носителей языка.

Встречаемость фамилии Крячкин (и Крячкина) невысокая, она тяготеет к Волго-Вятскому региону и югу России. Встречаются единичные носители в Ростовской и Воронежской областях, что косвенно подтверждает связь с охотничьим промыслом в пойменных угодьях.