Фамилия Крячкин образована от прозвища Крячка. В русских говорах так называли утку-крякву, а в переносном смысле — человека, который кряхтит, охает или говорит хрипловато, «в нос». Вероятнее всего, прозвище закрепилось за человеком с характерной манерой речи или негромким ворчливым голосом.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Крячки». Форма Крячка — это уменьшительно-ласкательный вариант от Кряква, с тем же корнем, но с чередованием согласных (к/ч). Аналогично: Кряквин, Крячков. Фамилия Крячкин стоит в одном ряду с прозвищными фамилиями от названий птиц: Гусев, Уткин, Лебедев. Но если Уткин и Гусев встречаются повсеместно, то Крячкин гораздо реже — это указывает на более узкую, локальную основу.

Среди однокоренных фамилий есть Крячков — от той же основы, но с другим суффиксом. Разница в том, что Крячков могло закрепиться напрямую от прозвища Крячок (уменьшительное от кряк), а Крячкин — от более «домашнего» варианта Крячка. Встречаются обе формы, но Крячкин тяготеет к северным и центральным регионам России, где сохранялось диалектное слово «крячка» в значении «утка».

Спорных версий у фамилии немного. Можно предположить связь с глаголом «крячить» — гнуть, ломать с усилием, но это менее вероятно: прозвище от действия давало бы основу Кряч- с суффиксом -ило (Крячило), а не уменьшительное Крячка. Правдоподобнее всего — птичье прозвище, которое прижилось из-за звуковой схожести с голосом или повадками человека.