Фамилия Крыхтина образована от мирского имени Крыхта. В основе лежит украинское слово «крихта» — крошка. Скорее всего, так родители ласково называли маленького ребенка. Однако у этого прозвища могло быть и другое значение: Крыхтой могли прозвать невысокого взрослого человека, намекая на его малый рост.

Фамилия закрепилась по модели русских фамилий на -ин, указывающих на принадлежность: «чей?» — Крыхтин, то есть сын или потомок Крыхты. В женском роде — Крыхтина. Такая словообразовательная схема типична для фамилий, произошедших от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Поскольку основа фамилии имеет украинские корни, можно предположить, что её носители происходят из южнорусских или украинских земель. Встречаемость фамилии Крыхтина в современных документах невысока, что говорит о её редкости и локальном бытовании. В отличие от широко распространённых фамилий на -ов/-ев, фамилии на -ин часто сохраняют более прямую связь с конкретным прозвищем, не утратившим своего первоначального значения.