Фамилия Крысенкова — женская форма от Крысенков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Крысенок. Разберём словообразовательную модель: суффикс -ов- здесь указывает на принадлежность («чей?»), то есть Крысенков — это сын Крысенка. Основа Крысенок — это уменьшительная форма от «крыса» с суффиксом -ёнок, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно такие суффиксы давали прозвища молодым людям или детям, подчёркивая их внешность, поведение или отношение окружающих.

Что могло значить прозвище Крысенок? В русских говорах «крыса» не всегда означала грызуна-вредителя. В некоторых регионах это слово могло относиться к человеку маленького роста, юркому, пронырливому или, наоборот, незаметному, тихому. Прямой отрицательной окраски могло и не быть — прозвища часто давались по сходству с животным без злого умысла. В ономастических работах, в частности у Б. Унбегауна, отмечается, что «звериные» прозвища в русской среде были обычным делом, особенно в крестьянской и посадской среде, где фамилии закрепились позже, чем у дворян.

Географически фамилия Крысенков и её женская форма Крысенкова встречаются в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Это указывает на то, что прозвище могло возникнуть в зоне смешения русских и белорусских говоров. Редкость суффикса -ёнок в фамилиях делает Крысенкова непохожей на более массовые варианты вроде Крысин или Крысов, образованных от той же основы, но по другой модели. Предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был простым человеком, крестьянином или ремесленником, которого в молодости прозвали Крысенком — и это прозвище закрепилось за его потомками как родовое имя.