Фамилия Крысенково — редкий случай, когда географическая привязка видна сразу, а вот происхождение личного имени или прозвища приходится восстанавливать по косвенным данным. Она явно образована от названия населённого пункта: в основе лежит топоним Крысенково или Крысенков. Такие деревни и хутора встречаются в исторических документах по Смоленской, Брянской и югу Псковской областей — зоне, где активно бытовала модель фамилий на -ово/-ево, обозначавшая принадлежность к месту. Носитель такой фамилии — потомок человека, который был записан как «Иван Крысенков» (из Крысенкова) или как «Крысенковы дети» (крестьяне, переселённые из этого села).

Корень «Крысен-» почти наверняка восходит к прозвищу или нецерковному имени Крыса. В древнерусской антропонимии «мышиные» и «крысиные» имена не редкость: они давались по принципу оберега — считалось, что «плохое» имя отводит от ребёнка злые силы. Человек по прозвищу Крыса мог быть мелким, юрким, хозяйственным или, наоборот, нечистым на руку. Суффикс -енк(ов) в данном случае — характерный для восточнославянских фамилий патронимический элемент, указывающий на «сына Крысы», то есть Крысенка. Со временем форма Крысенков застыла в родительном падеже множественного числа (Крысенково), что типично для фамилий, образованных от названий поместий или сёл.

В отличие от более массовых фамилий на -ов и -ин, Крысенково сохранило редкую топонимическую модель. Если бы фамилия возникла напрямую от прозвища, она звучала бы как Крысин или Крысенков. Форма на -ово говорит о том, что предок был не просто «Крысой», а владельцем или жителем усадьбы, носившей такое имя. Это ставит фамилию в один ряд с такими, как Григорьево, Иваново или Петрово, но с той разницей, что основой послужило не крестильное имя, а прозвищное.

В современных данных фамилия Крысенково встречается крайне редко, преимущественно в Центральной России и на юге Сибири — вероятно, это следствие переселений крестьян в конце XIX — начале XX века. Единичные носители могут быть потомками выходцев из тех самых смоленских или брянских деревень, где когда-то жил Крыса. Других версий, например, связи с грызуном как тотемным животным или с диалектным словом «крысень» (вид растения), ономастика не подтверждает — корень здесь бытовой и прямой.