Фамилия Крысов на первый взгляд кажется прозрачной: ну кто же не знает крысу? Но на самом деле её происхождение не такое прямолинейное, и связь с грызуном здесь, скорее всего, вторичная, возникшая из-за переосмысления. Искать корни этой фамилии стоит не в зоологии, а в церковном календаре.

В основе фамилии лежит имя Крыс — это не прозвище, а просторечная, сокращённая форма двух канонических имён: Хрисанф (от греческого «златоцветный») и Крискент (от латинского «растущий»). В быту длинные и неудобные для повседневного общения церковные имена часто усекали до коротких, привычных форм. Так Хрисанф и Крискент превратились в Крыса, а уже от этого имени образовалась типичная русская фамилия с суффиксом -ов, означающая «принадлежащий Крысу», то есть его потомок.

К началу XX века имя Хрисанф практически вышло из употребления, а исходное имя Крыс стало звучать необычно и даже неблагозвучно. Произошло переосмысление: народная этимология «подтянула» забытое имя под хорошо знакомое слово «крыса». Так люди, далёкие от ономастики, начали ошибочно связывать фамилию с животным, хотя изначально эта связь отсутствовала.

Существует и менее правдоподобная версия, что фамилия могла произойти от мирского имени Крыса. В народной традиции крыса считалась нечистым, вредным животным, и имя с таким значением могли давать с охранительной целью — чтобы отвести от ребёнка злые силы. Мол, нечисть не позарится на того, кто уже назван чем-то плохим. Однако эта гипотеза уступает первой: гораздо больше русских фамилий образовано от сокращённых церковных имён, чем от охранительных прозвищ на «крыс».

Таким образом, большинство носителей фамилии Крысов — потомки человека, которого в быту звали Крысом, то есть Хрисанфом или Крискентом. А современное звучание фамилии — результат языковой случайности, когда редкое имя совпало с распространённым словом.