Фамилия Крысина, скорее всего, образована не от названия животного, а от церковного имени. В основе лежит имя Крысяк — просторечная форма канонических мужских имён Хрисанф (от греческого «златоцветный») или Крискент (от латинского «растущий»). К началу XX века имя Хрисанф вышло из широкого употребления, и в народном сознании имя Крыса переосмыслили по звуковому совпадению с хорошо знакомым словом «крыса». Скорее всего, основатель рода Крысиных был человеком из простого сословия — именно в крестьянской и мещанской среде такие переделки канонических имён встречались чаще всего.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Крысина — «дочь (или жена) Крысы», то есть потомок человека, которого в быту звали Крысой (из Крысяка). Менее правдоподобна версия, что фамилия образована напрямую от прозвища Крыса. В народной традиции крыса — животное нечистое, и такое прозвище могли дать человеку, не снискавшему уважения окружающих. Ещё одно возможное объяснение: Крысой прозвали того, кто имел обыкновение «крыситься», то есть злиться, гневаться, не скрывая этого. Однако церковное происхождение через имя Крысяк выглядит убедительнее — оно объясняет и форму фамилии, и её широкое бытование в разных регионах.

Фамилия Крысина — женская форма, в мужском варианте — Крысин. Встречается в центральных областях России и в Поволжье, что подтверждает её связь с крестьянскими именословами, где переделки имён вроде Хрисанф → Крысяк были обычным делом.