Фамилия Крысь не так проста, как кажется на первый взгляд. Её основа — не прозвище от грызуна, а сокращённая форма редких церковных имён. Скорее всего, в основе лежит имя Крыс (или Крысь) — домашний вариант одного из двух имён: Хрисанф (от греческого «златоцветный») или Крискент (от латинского «растущий»). К началу XX века имя Хрисанф почти вышло из употребления, а имя Крыс со временем переосмыслили по звуковому сходству с хорошо знакомым всем словом «крыса».

Менее правдоподобна версия о прямом прозвище Крыса. В народной традиции крыса — животное нечистое, и Крысем могли назвать человека, не снискавшего уважения. Есть и другая возможность: Крысем прозвали того, кто имел обыкновение «крыситься», то есть злиться, гневаться, не скрывая раздражения. Однако обе эти версии уступают по убедительности первой — имя Крыс как сокращение от Хрисанф или Крискент встречается в старых документах и вписывается в типичную для русских фамилий модель образования от канонических имён.

Суффикс -ь (мягкий знак на конце) указывает на то, что фамилия могла закрепиться в форме прозвища или имени без типичного русского патронимического суффикса (-ов, -ин). Такое оформление встречается реже, чем стандартные фамилии на -ов, и часто указывает на украинское или белорусское происхождение, где мягкий знак в фамилиях — обычное дело. Таким образом, Крысь — это, по сути, «сын Крыся», где Крысь — домашнее имя предка, крещённого в честь святого Хрисанфа или Крискента.