Фамилия Крысько — типичный пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVI–XVII веках была распространена в Поднепровье и на Слобожанщине. Суффикс -ко, как и -енко, первоначально означал «сын» или «потомок», поэтому Крысько буквально — «потомок Крыси».

Основа фамилии — имя Крыся, которое в прошлом не имело ничего общего с грызуном. Крыся — это просторечная, сокращённая форма двух канонических имён: греческого Хрисанф («златоцветный») и латинского Крискент («растущий»). В бытовой речи длинные имена часто усекали до коротких и привычных, так Крискент или Хрисанф превратились в Крысю. К началу XX века имя Хрисанф почти вышло из употребления, а народная этимология переосмыслила редкое имя по звуковому сходству со словом «крыса».

Менее убедительна версия, что фамилия произошла напрямую от мирского имени Крыса. В народной культуре крыса — животное нечистое и вредное, поэтому такое прозвище могли дать ребёнку с охранительной целью: чтобы злые силы не позарились на того, кого назвали «плохим» словом. Однако эта гипотеза слабее, так как у нас есть реальные церковные имена, от которых форма Крыся образуется естественно, без натяжек.

В ономастических словарях (например, у Ю. К. Редько) фамилия Крысько указана как украинская, с корнем, восходящим к личным именам Хрисанф или Крискент. Редкий, но показательный вариант — Крысенко, с тем же корнем, но другим патронимическим суффиксом, что подтверждает продуктивность основы в украинской антропонимии.

Таким образом, предки большинства Крысько — это люди, чьих отцов или дедов звали в быту Крысей, то есть Хрисанфом или Крискентом. Связь с животным — позднее и случайное совпадение, которое закрепилось в языке, но не в изначальном значении фамилии.