Фамилия Крыськов образована от прозвища Крысько. В основе, скорее всего, не прямое указание на грызуна, а уменьшительное или уничижительное производное от имени Крыс, которое в древнерусском языке могло быть формой церковного имени Макарий (от греческого «макариос» — блаженный). В просторечии «Крыс» и «Крысько» звучало как ласкательное или, наоборот, насмешливое прозвище для человека маленького роста, юркого, или же для того, кто чем-то напоминал это животное — например, пронырливостью или внешностью.

Суффикс -к-о в основе Крысько указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение прозвища. В этих говорах суффикс -к-о часто придавал именам и прозвищам оттенок фамильярности или принадлежности к младшему поколению (сравните: Ивашко, Петрусько). Затем, при переходе в великорусскую среду, к основе Крысько добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Крыська» или «из рода Крыська». Таким образом, фамилия закрепилась в том виде, в каком мы её знаем.

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию связывают с польским словом «kryska» (крошка, капелька) или с глаголом «крыть» (крыть крышу), но это маловероятно: звучание и морфология указывают на антропоним, а не на ремесло. Географически фамилия Крыськов чаще всего встречается в Смоленской, Брянской областях и на востоке Беларуси — на территории, где исторически пересекались русские, украинские и белорусские говоры.

Социально носители фамилии, как правило, были крестьянами или мещанами, поскольку прозвищная форма Крысько не встречается в документах дворянских родов. Фамилия не относится к числу редких, но и не входит в первую сотню по распространённости. Встречаются варианты написания Крысков (с ударением на первый слог) и Крыськов (с мягким знаком) — последний считается нормативным, так как сохраняет мягкость звука [с'] в основе.