Фамилия Крысовы, как и большинство русских фамилий, образована от личного имени. Вопреки первому впечатлению, её основа — не название грызуна, а имя Крыс. Это краткая, народная форма двух древних канонических имён: греческого Хрисанф («златоцветный») и латинского Крискент («растущий»). Сокращение длинных имён до двух-трёх слогов было обычной речевой практикой: так Хрисанф превращался в Крыса, а Крискент — в Крыса или Криса. К началу XX века полные имена вышли из обихода, а короткое Крыс стало ассоциироваться с животным, хотя изначально никакого отношения к нему не имело.

По модели образования фамилия типична: к основе Крыс добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Крыса» или «принадлежащий Крысу». Такой способ формирования фамилий был массовым в XVI–XVII веках, и носители фамилии Крысовы, скорее всего, происходили из крестьянской или посадской среды — именно в этих сословиях закрепились «домашние» варианты крестильных имён.

Менее убедительна версия, что в основе лежит мирское имя Крыса. В народной традиции крыса — нечистое животное, и такое имя могли дать с охранительной целью: чтобы злые силы не позарились на ребёнка. Однако имя Крыса нигде не фиксируется как распространённое, и объяснение через сокращение церковных имён выглядит надёжнее.

О точной географии фамилии сегодня говорить сложно: процесс формирования фамилий был долгим, а письменные источники по крестьянским родам скудны. Ясно лишь, что Крысовы — это памятник живой народной переработки церковной ономастики, где длинное и малопонятное имя обрело короткую, удобную форму.