Фамилия Крысенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Хрисфан. В её основе лежит имя Крыся (Крыса) – просторечная форма канонических мужских имён: Хрисанф (от греческого «златоцветный») или Крискент (от латинского «растущий»). К началу XX века имя Хрисанф вышло из широкого употребления, а имя Крыса подверглось переосмыслению по звуковому совпадению с хорошо знакомым словом «крыса». Менее правдоподобной представляется версия, согласно которой фамилия Крысенко образована от мирского имени Крыса. Возможно, что Крысой прозвали того, что имел обыкновение «крыситься», то есть «злиться, гневаться, сердиться, не скрывая этого». Однако крыса в народной традиции считается плохим животным, поэтому не исключено, что имя могло иметь так называемую охранительную функцию. Поэтому Крысенко буквально понималось как «сын Крыси».