Фамилия Крысенко — яркий пример того, как народная этимология переосмыслила церковное имя. По основной и наиболее аргументированной версии, в основе лежит крестильное имя, но не напрямую, а через его просторечную форму Крыся (Крыса). Это сокращение от канонических мужских имён Хрисанф (греческое «златоцветный») или Крискент (латинское «растущий»). К началу XX века имя Хрисанф вышло из обихода, а форма Крыса стала восприниматься в быту как производное от названия животного.

Менее правдоподобна версия, что Крысенко изначально было мирским именем-прозвищем. Сторонники этой гипотезы связывают его с глаголом «крыситься» — злиться, сердиться, не скрывая раздражения. Однако здесь вступает в силу народная традиция: крыса считается нечистым, вредным животным, и давать ребёнку такое прозвище напрямую было не принято. Скорее, имя могло выполнять охранительную функцию — «чтобы злые духи не позарились на ребёнка».

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии и буквально означает «сын Крыси» или «потомок Крыси». Такая модель была типична для центральных и левобережных регионов Украины. Таким образом, носитель фамилии Крысенко — это потомок человека, которого в быту звали Крысей, а официально, скорее всего, Хрисанфом или Крискентом.