Фамилия Крысенков строится по классической русской модели: основа плюс суффикс принадлежности -ов. Она указывает на родство: Крысенков — сын Крысенка. А Крысенок — это уменьшительное от прозвища или нецерковного имени Крыса.

В дохристианской и ранней христианской Руси имена от названий животных были обычным делом. Крыса — не самое популярное, но вполне реальное прозвище. Его могли дать человеку за какую-то внешнюю черту (мелкие черты лица, быстрые движения, сероватый цвет волос) или за характер — вороватого, суетливого, пронырливого. В некоторых говорах «крысой» называли маленького, юркого ребенка. Уменьшительный суффикс -енок (Крысенок) в фамилиях часто указывает на младшего в роду или на прямую связь с отцом-носителем прозвища: Крысенок — сын Крысы.

По географии фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, встречается в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях, а также на Украине, где «крыса» как прозвище звучало так же естественно. Важно не путать Крысенковых с однокоренной фамилией Крысин: та образована напрямую от «Крыса» без уменьшительного суффикса, а Крысенков — более поздняя, патронимическая форма, подчеркивающая, что родоначальник был именно «Крысенком».

Таким образом, предок носителя этой фамилии — человек, которого в быту звали Крысой или Крысенком, и это прозвище закрепилось за его потомками. Никакой дворянской или боярской истории здесь нет: фамилия крестьянская или мещанская, возникшая не ранее XVII века, когда массово закреплялись отчества.