Фамилия Крысёнышев — редкий случай, когда в основе лежит не взрослое прозвище, а детское имя, образованное с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса. В русских говорах «крысёнок» — не только детёныш грызуна, но и прозвище юркого, маленького или вертлявого ребёнка. В ономастике известен принцип: прозвища на -ёнок, -онок давали детям, отличавшимся какой-то чертой, а потом это прозвище закреплялось за семьёй. Фамилия строится по модели «Крысёныш + -ев»: Крысёныш — разговорная форма от «крысёнок», а суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Крысёныша). Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном человека, которого в детстве дразнили Крысёнком.

Интересно, что фамилия избежала стандартного суффикса -ов (Крысенков) и сохранила архаичную форму -ышев. В русской антропонимии суффикс -ыш встречается реже, чем -ок/-ёк, и часто указывает на более старую, диалектную основу. Сравните с фамилиями Малышев, Голышев — там та же модель: прозвище на -ыш плюс притяжательный суффикс.

Географически фамилия Крысёнышев — локальная. По данным открытых источников, её носители встречаются в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Это объяснимо: в северных говорах слово «крысёнок» могло употребляться не только как прозвище, но и как ироничное название для проворного работника. В сословном плане фамилия явно крестьянская: в списках дворянских родов она не значится, а в метрических книгах XIX века встречается у государственных крестьян и мещан.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: связь с диалектным «крыс» — так в некоторых говорах называли крота или землеройку. Тогда «крысёныш» — детёныш крота, а прозвище могли дать человеку с маленькими глазами или привычке рыться в земле. Но эта гипотеза слабее, потому что «крысёнок» как прозвище ребёнка фиксируется в этнографических источниках чаще, а фамилии от названий детёнышей животных (Волчонков, Зайчонков) — обычное дело.