Фамилия Крышняков образована от прозвища Крышняк по типичной для русского языка модели: к основе прозвища добавили суффикс принадлежности -ов, означающий «сын» или «потомок». То есть Крышняков — это буквально «сын Крышняка».

Что стояло за прозвищем Крышняк — вопрос, на который нет одного ответа, но есть две основные версии. Первая — профессиональная. В её основе лежит старинное слово «крышь», означавшее «процесс покрывания». Крышняком могли назвать кровельщика — мастера, который крыл крыши соломой, дранкой (гонтом) или тёсом. В крестьянском быту это было заметное ремесло, и прозвище по нему было естественным.

Вторая версия уводит в сторону не ремесла, а характера или положения человека. В белорусском языке, который близок к говорам юго-западной России, глагол «крыць» означает не только «крыть», но и «оберегать». Это же значение просвечивает в старой русской поговорке «тишь да крышь» — то есть «мир, безопасность, благодать». Отсюда Крышняк — человек, которого оберегали, за которым приглядывали, возможно, излишне опекаемый родственниками. Либо, напротив, тот, кто сам слишком уж берёг себя.

Обе трактовки имеют право на существование, но первая — ремесленная — встречается в фамилиях чаще и выглядит более прямой. Тем не менее, вторая, смысловая, связывает фамилию с редким пластом народной лексики, что делает её особенно интересной для этимолога.

География фамилии Крышняков неширокая, что говорит о её относительно позднем закреплении и локальном бытовании. Встречается она преимущественно в южнорусских и белорусско-русских пограничных областях, где и были возможны оба значения — и «кровельщик», и «оберегаемый».