Фамилия Крыжберский — редкая, её не встретишь в списках распространённых русских фамилий. При этом она прозрачна по составу и не требует сложных этимологических реконструкций. Основа здесь — «крыж» или «кржиж», что по-польски и по-чешски означает «крест». Суффикс «-ский» указывает на польское или западнорусское происхождение, типичное для шляхетских фамилий. Таким образом, Крыжберский — это человек, связанный с местом, где был крест, или получивший прозвище по этому признаку.

Скорее всего, фамилия образована от названия населённого пункта — Крыжберк или Кшижберк. В Польше и на территории бывшей Речи Посполитой таких топонимов несколько, они означают «крестовая гора» или «крепость у креста». Первый носитель фамилии мог быть выходцем из такого места, либо его предок владел землёй рядом с придорожным или часовенным крестом. Вторая часть «-берг» (гора) в фамилии — явный германизм, что говорит о влиянии немецкого языка в польских землях (особенно в Силезии или Малопольше).

По сословной принадлежности Крыжберские, скорее всего, относились к мелкой шляхте или к городскому мещанству. Фамилии на «-ский» в XVI–XVII веках активно принимали не только дворяне, но и зажиточные горожане, подражавшие аристократии. Написание через «ы» (Крыжберский, а не Кржижберский) — результат адаптации к русской орфографии после переселения носителей на восток, в Малороссию или на юг России.

В России фамилия встречается единично, в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — это следы миграций конца XIX века, когда польские и украинские крестьяне переселялись на Кубань. Других версий происхождения, например от личного имени или профессии, для Крыжберского нет — корень слишком конкретный, чтобы спутать его с чем-то другим.