Фамилия Крыжовникова образована от прозвища или нецерковного имени Крыжовник. В старину такие «растительные» фамилии нередко давали не за любовь к ягоде, а по месту жительства или роду занятий. Если предок жил рядом с большими зарослями крыжовника, его могли прозвать Крыжовником. Либо он сам разводил эту культуру и торговал ею — для крестьянского быта XVII–XVIII веков это было обычным делом.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования фамилий: сначала появилось отчество Крыжовников («сын Крыжовника»), а затем оно закрепилось как фамильное имя. Женская форма Крыжовникова — это вариант для замужней женщины или дочери, образованный по тому же правилу, что и у большинства русских фамилий на -ов.

Интересно, что слово «крыжовник» само по себе не исконно русское. Оно восходит к польскому «krzyżownik» (от «krzyż» — крест) или к немецкому «Krausbeere» — в любом случае, ягода попала в Россию из Европы, и название закрепилось не сразу. В южных говорах её долго называли «агрус» (из тюркских языков). Поэтому фамилия Крыжовникова могла возникнуть только в тех регионах, где прижилось именно это слово — скорее всего, в центральных и северо-западных областях, ближе к Москве и Новгороду.

В отличие от фамилий вроде Смородин или Малинин, Крыжовникова встречается реже. Это объясняется тем, что крыжовник как культура не был так распространён в крестьянских садах, как те же смородина или малина. Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, чьи предки имели прямое отношение к огороду или саду.

В написании возможна путаница с фамилией Крыжовников — без конечной -а. Но это лишь грамматическое различие по полу: Крыжовников — мужской вариант, Крыжовникова — женский. В быту обе формы считаются одной фамилией, и корень у них общий.