Фамилия Кшинин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Кшины). Основа — Кшин(а). Самое вероятное объяснение: это прозвище, связанное с диалектным словом «кшина» или «кшин» — в некоторых южнорусских и украинских говорах так называли мелкую рыбёшку, малька, иногда в переносном смысле — невысокого или незначительного человека. Сравните с украинским «кшити» (крошить, мельчить). Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище за маленький рост, худобу или за род занятий — рыболовство, при котором в улове попадалась в основном мелочь.

Менее вероятная, но допустимая версия — отголоски тюркских языков, где корень «кыш» (зима) давал прозвища вроде Кыш, Кышын (зимний). При переходе в русскую среду звук «ы» мог смениться на «и», а суффикс -ин закрепил форму. В этом случае фамилия означала бы «зимний человек» — возможно, так прозвали родившегося в суровую пору или человека с холодным нравом. Однако тюркская гипотеза слабее: фамилия Кшинин не имеет массового бытования в регионах с сильным татарским влиянием, а её ареал скорее тяготеет к центральным и западным областям России.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, характерной для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Встречается она крайне редко: по открытым данным, носителей Кшининых насчитываются единицы, и фамилия не входит даже в число десяти тысяч самых распространённых в России. Географически можно предположить связь с Курской, Белгородской или Воронежской областями — именно там диалектная лексика с корнем «кш-» наиболее устойчива. В дореволюционных переписях фамилия не зафиксирована, что говорит о её позднем оформлении или малом числе носителей в прошлом. Социальный контекст, скорее всего, крестьянский или мещанский — фамилии на -ин с «рыбным» или уменьшительным прозвищем в основе редко встречаются у дворянства.