Фамилия Кубанцева в своей основе имеет прозвище Кубанец. Чаще всего так называли выходца с Кубани — исторической области на Северном Кавказе вдоль одноимённой реки. Сегодня на этих землях расположены Краснодарский край, Адыгея, Карачаево-Черкесия, запад Ставрополья и часть Ростовской области. Русское освоение региона началось в конце XVIII века: сюда переселяли донских и украинских казаков, а после упразднения Запорожской Сечи по указу Екатерины II — черноморских казаков. Поэтому прозвище Кубанец мог получить и переселенец, и служилый человек, связанный с этими местами.

Впрочем, география возможных корней шире. Кубанец — это и житель посёлка Кубань в Липецкой области, и уроженец одноимённого хутора в Гулькевичском районе Краснодарского края. Такие «местные» прозвища давали человеку, когда он переселялся в другое село или город — чтобы отличить его от старожилов.

Есть и другая линия объяснения, связанная не с топонимом, а с нарицательным словом «кубан». В казачьем быту так называли большую крынку, а в орловских говорах — ситный хлеб. Исходя из этого, прозвище Кубанец мог получить гончар, делавший такую посуду, или пекарь, выпекавший сдобу. Но самая простая и распространённая версия — прозвище дали полному, дородному человеку, чья фигура ассоциировалась с большим кубаном. Именно эта бытовая, «характерная» версия выглядит правдоподобнее ремесленной: прозвища по внешности давали чаще, чем по роду занятий.

Фамилия образовалась по стандартной для русской ономастики модели: прозвище Кубанец → фамилия Кубанцев (притяжательный суффикс -ев-), а её женская форма — Кубанцева. Суффикс -ев- указывает на принадлежность («сын Кубанца»), что типично для фамилий, возникших в среде служилых и крестьянских сословий.