Фамилия Кубеция — редкий случай, когда географическое происхождение почти не оставляет сомнений, а вот корень слова вызывает споры. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия населённого пункта с основой «Куб-» — Куба, Кубань или Кубец. Суффикс «-ия» в русских фамилиях нетипичен: он встречается в польской и украинской традиции, где часто указывал на принадлежность к шляхетскому роду или на происхождение из конкретного места. Поэтому Кубеция — это адаптированная форма фамилии вроде Кубецкий или Кубец, которую записали по звучанию, но с характерным окончанием на «-ия».

Если отталкиваться от прозвищной версии, то в основе могло лежать слово «кубец» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли небольшой деревянный ковш, меру сыпучих тел или даже лавку в торговом ряду. Прозвище Кубец мог получить торговец зерном, бондарь или человек с характерной фигурой. Однако фамилия Кубеция звучит скорее как «книжная», документальная, а не уличная: её могли дать выходцу из села Кубец (в прошлом такие названия встречались на территории современной Украины и Беларуси) или потомку переселенца с Кубани, которого в метриках записали как «Кубеция» — то есть «кубанский».

Написание фамилии через «-ия» сближает её с моделями, характерными для юго-западных регионов Российской империи — Волыни, Подолья, Галиции. Там окончание «-ия» нередко заменяло стандартное «-ий» в фамилиях на -цкий, особенно в польскоязычных документах. Например, Кубецкий мог превратиться в Кубецию при переходе в русскую канцелярию. Других однокоренных фамилий с таким же суффиксом почти нет, что делает Кубецию уникальной: она не встраивается в типовые ряды вроде Кубецких или Кубаревых, а стоит особняком.

Сословная принадлежность носителей фамилии неясна — в дореволюционных источниках Кубеция не фигурирует как дворянская или купеческая. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а сама фамилия закрепилась за одной семьёй в конкретном селе. Учитывая редкость, сегодня её носители — это потомки небольшой локальной группы, возможно, выходцев с запада Украины или из Польши, чья фамилия прошла путь от топонима до современной формы без потери узнаваемости.