Фамилия Кубец — одна из тех, где короткая форма таит в себе несколько возможных путей происхождения. В ней нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), что сразу указывает на иную модель образования: это прозвище или имя, которое закрепилось в неизменном виде. В славянской традиции такой тип фамилий характерен для украинской, белорусской и польской среды, где «-ец» — распространённый суффикс, обозначающий лицо по признаку или действию.

Самая прямая версия — от слова «куб» в значении «сосуд для перегонки или варки». В старину кубом называли котёл для варки пива, мёда или самогона, а также перегонный аппарат. Соответственно, Кубец — это мастер, который делал такие кубы, или, вероятнее, человек, варивший хмельные напитки. Фамилия могла закрепиться за пивоваром, броварником или винокуром. В этом случае она родственна фамилиям Кубов, Кубовский, Кубанов, но стоит особняком из-за своего суффикса.

Вторая версия менее очевидна, но не менее интересна: основа «куб» могла быть искажением имени Якуб (Яков) в его диалектной форме. В белорусских и польских говорах Якуб нередко сокращался до Куба, а Кубец — это ласкательный вариант, вроде «Яша» или «Янек». Такая модель встречается у фамилий Кубецкий, Куба, Кубик. Если это так, то предок носителя фамилии был просто Яковом, которого в быту звали Кубцом.

Третья, более редкая гипотеза, отсылает к географическому названию. В Чехии и Словакии есть топонимы Кубы, Кубец, откуда человек мог получить прозвище по месту жительства. Однако для русских земель эта версия менее вероятна — фамилия Кубец встречается в основном в западных регионах бывшей Речи Посполитой, на Украине и в Белоруссии, где и сегодня сохраняется. Сословно это, скорее всего, фамилия крестьянская или мещанская, без дворянских корней — в старых списках знати она не фиксируется.