Фамилия Кубейсенов — одна из тех, где корень уходит в тюркские языки, а суффикс указывает на русскую модель оформления фамилий. Основа «Кубейсен» явно восходит к личному имени или прозвищу. Скорее всего, в основе лежит казахское или другое тюркское слово «күбей» (или «кубей») — в некоторых диалектах это означает «увеличивайся», «умножайся», «становись больше». Это могло быть пожеланием-именем: родители называли сына Кубейсеном, желая ему роста, богатства или многочисленного потомства. Суффикс «-сен» в тюркских именах часто является глагольной формой повелительного наклонения («будь таким-то»). Таким образом, Кубейсен — это «приумножься» или «стань большим».

Фамилия образована по русскому образцу: к основе Кубейсен прибавили типичный для русских фамилий суффикс принадлежности «-ов». Эта модель характерна для многих народов бывшей Российской империи: когда тюркское имя русифицировали, добавляя окончание, указывающее на родство («чей?» — Кубейсенов). То есть носитель фамилии — потомок человека по имени Кубейсен.

Географически фамилия Кубейсенов почти наверняка привязана к Казахстану или к тем регионам России, где исторически жили казахи (Астраханская, Оренбургская, Омская области). Встречаемость фамилии невысокая — это редкая фамилия, что типично для относительно поздних русифицированных тюркских имен, не ставших массовыми.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на «-ов», где основа — это полное имя отца (например, Иванов), здесь основа сама по себе уже является пожеланием-заклинанием. Предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, и имя Кубейсен должно было привлечь удачу и прирост скота или урожая. Социально фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это народная, крестьянская или кочевая среда, где имя давали не по святцам, а по бытовым представлениям о счастье.