Фамилия Кубей — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русских фамилиях на -ей (как Кубей, Шереметьев, Басаргин) суффикс указывает на прозвищное происхождение: основа чаще всего тюркская или кавказская, а окончание обрусело под влиянием модели притяжательных прилагательных. В данном случае фамилия почти наверняка восходит к тюркскому имени или прозвищу Куба, Кубей.

Первая и самая вероятная версия — от тюркского слова «куба» (светлый, бледный, седой). В тюркских языках так могли назвать человека со светлыми волосами или седого старика. Форма Кубей — это старая притяжательная форма: «Кубей» буквально значило «сын Кубы» или «принадлежащий Кубе». Такая модель образования фамилий типична для регионов, где русские фамилии складывались под влиянием татарской и башкирской ономастики: Поволжье, Урал, южные степи.

Вторая версия связывает фамилию с кавказским топонимом. В Грузии есть село Кубей (в Самцхе-Джавахети), а в Краснодарском крае — аул Кубей. Переселенцы с Кавказа могли получить фамилию по месту выхода. Однако для прозвищной фамилии это менее типично: обычно топонимические фамилии оканчиваются на -ский или -ов.

Третья, менее распространённая гипотеза — от славянского «куб» (сосуд, мера объёма). Прозвище Кубей могли дать бондарю или торговцу, но это объяснение слабее: суффикс -ей в славянских прозвищах почти не встречается, а форма «Кубеев» (с двойным суффиксом) была бы логичнее.

Фамилия Кубей — яркий пример того, как русская фамильная система впитала иноязычные корни, переработав их по своим грамматическим лекалам. Носители фамилии — потомки людей, которых в XVI–XVIII веках называли по отцу или внешнему признаку на тюркский манер, а затем записали в документы уже в обрусевшем виде.