Фамилия Кубус — редкий случай в русском ономастиконе, где форма слова почти не оставляет сомнений в происхождении, но заставляет гадать о значении. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, Кубус не имеет фамильного суффикса. Это так называемая «застывшая» форма — фамилия, которая совпадает с исходным словом или прозвищем. Такие фамилии в России встречались в основном у выходцев из западных регионов (Украина, Белоруссия) или у представителей духовенства, где семинаристы нередко получали фамилии-кальки с латыни или греческого.

Самое очевидное объяснение — прозвище от нарицательного «кубус». В русских говорах это слово имело несколько значений. В южных и западных областях «кубусом» называли деревянную меру для зерна или сыпучих тел — нечто вроде кадки или четверика. Прозвище мог получить либо мельник, либо крестьянин, торговавший зерном, либо просто плотный, коренастый человек — по ассоциации с формой предмета. В переносном смысле «кубусом» дразнили человека медлительного или тяжелого на подъем.

Вторая версия ведет к латинскому «cubus» (куб) и, соответственно, к семинарской среде. В духовных училищах и семинариях было принято давать фамилии искусственно, переводя русские прозвища на латынь или греческий. Если предок носил прозвище Куб (например, за квадратное телосложение), наставник мог записать его как Кубус. Эта гипотеза правдоподобна, поскольку фамилии на -ус (Петрус, Ребус, Орбус) — характерный маркер семинарского происхождения.

Третья, менее вероятная версия — искажение немецкой фамилии Kubus или чешской Kuba. В XVIII–XIX веках в Россию переселялись немецкие колонисты и ремесленники, и фамилия могла быть русифицирована без изменения формы. Однако в этом случае она осталась бы редкой и локальной.

Географически фамилия Кубус встречается крайне редко. По данным открытых источников, основные очаги — юг России (Краснодарский край, Ростовская область) и Украина. Встречаемость так мала, что можно говорить о единичных родах, а не о широком распространении. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была разной: от крестьян (прозвище по ремеслу) до духовенства (семинарская фамилия). Однозначно определить, какая версия верна для конкретной семьи, можно только через генеалогическое исследование — по метрическим книгам и ревизским сказкам.