Фамилия Кубис — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть на её окончание и на то, где подобные фамилии встречаются чаще всего.

Суффикс -ис в русских фамилиях нетипичен. Он указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, из польского, белорусского или литовского ареала. В польском и белорусском языках суффикс -ис (или -іс) нередко встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён. Например, фамилия Кубиц (Kubicz) — от имени Куба (производная от Якуб, то есть Яков). Кубис, вероятно, вариант той же модели: основа та же, а суффикс другой.

Основа «куб» в славянских языках многозначна. Самое очевидное — это геометрическая фигура. Однако в прозвищах «кубом» могли называть человека плотного, коренастого, «квадратного» телосложения. Второй вариант — связь с ремеслом: в старину «кубом» называли сосуд для перегонки или варки, например, пивной или винокуренный куб. Человек, который работал на таком производстве — кубовар или кубовщик — мог получить прозвище Куб. А Кубис — его потомок.

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. В Польше и Беларуси есть несколько небольших мест с названием Кубы (Kuby), Кубово. Житель такого места мог получить фамилию по названию деревни.

Географически фамилия Кубис в России встречается редко, и её носители, скорее всего, имеют корни из западных регионов бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, Литвы или восточной Польши. В польских и белорусских метрических книгах фамилия Kubis фиксируется с XIX века, но не массово.

Таким образом, Кубис — это фамилия, которая пришла в Россию с запада. Она образована от прозвища или имени Куб (вероятно, от Якуб) с помощью суффикса -ис. Предки носителя этой фамилии могли быть либо людьми плотного телосложения, либо винокурами, либо выходцами из деревни с похожим названием.