Фамилия Кудажанова — женская форма мужской фамилии Кудажанов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу указывает на происхождение. Суффикс -ов в русских фамилиях — классический знак патронимической модели, то есть «чей?» — «сын Кудажана» или «внук Кудажана». Такие фамилии обычно закреплялись за крестьянами, мещанами и казаками, реже за дворянами, но здесь мы имеем дело с тюркским именем, а не славянским. Это значит, что предки носительницы фамилии, скорее всего, были тюркоязычными (казахи, башкиры, татары, ногайцы), а фамилию русифицировали при переписях или паспортизации в XIX–XX веках.

Основа Кудажан — составное тюркское имя. Первая часть, Кудай, означает «бог» или «всевышний» (от арабского «куддус» через тюркские языки, ср. казахское «құдай»). Вторая часть, жан, переводится как «душа» или «жизнь». Вместе Кудайжан (или Кудажан) буквально значит «божья душа» или «душа, данная богом». Это распространённая модель в мусульманских тюркских именах, где к имени бога добавляют слово «душа» — такой композит подчёркивает религиозную значимость и благочестие. Имя могло даваться ребёнку как пожелание божественной защиты или как знак того, что ребёнок долгожданный, «посланный свыше».

Споров вокруг этой фамилии немного. Единственная альтернативная версия — что Кудажан происходит от монгольского «худаг» (колодец) или «худай» (сват), но она слабая: в тюркских антропонимах компонент «жан» встречается повсеместно, а «кудай» как «бог» — основа для десятков имён (Кудайберген, Кудайкул). Поэтому версия с божественным корнем главная и правдоподобная.

Географически фамилия Кудажанова встречается в основном у казахов и башкир, особенно в регионах Западного Казахстана, Оренбургской области и Башкортостана. Встречается и у татар, но реже. Поскольку фамилия образована от полного имени, а не от прозвища или профессии, она указывает на то, что предок — Кудажан — был реальным человеком, вероятно, жившим в XVIII–XIX веках. Сословно это, скорее всего, скотоводы или земледельцы, не имевшие наследственных титулов. В переписях XIX века такие фамилии часто записывали с окончанием -ов, чтобы вписаться в русскую бюрократическую систему.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Кудайбергенов, Кудайкулов), Кудажанова стоит особняком: в ней нет указания на действие или статус (как в «берген» — «дал»), только на суть — «божья душа». Это делает фамилию скорее лиричной, чем утилитарной, и напоминает, что за каждым таким именем стояла надежда на высшую защиту.