Фамилия Кудыбина — женская форма от Кудыбин, и её разгадка лежит в довольно редком вопросительном корне. В основе лежит древнерусское имя или прозвище Кудыба, которое, в свою очередь, образовано от вопросительного местоимения «куда» с суффиксом -ыб(а). Такие «вопросительные» имена (Кудыба, Кудыш, Откуда) в старину давали не от хорошей жизни: так могли назвать подкидыша, найдёныша или ребёнка, родившегося вне брака, — человека, про которого не знали, «откуда он» и «куда его деть». Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Кудыбин, то есть сын или потомок Кудыбы.

Фамилия редкая и географически привязана к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Кудыба в Вятке и на Устюге Великом. В XIX веке носители фамилии Кудыбины фиксируются в основном в Вологодской и Костромской губерниях — в среде государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией нет, что подтверждает её простонародное, неслужебное происхождение.

В написании фамилии важно не путать её с похожей Кудрябина (от «кудрявый») или Кудибина (от имени Кудима). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Куды́бина, хотя в говорах возможно смещение на первый. Если вы носитель этой фамилии, ваши предки, вероятно, были крестьянами Русского Севера, а прозвище родоначальника — грустной подсказкой о его сиротской или подкидной судьбе.