Фамилия Куковенцев, предположительно, образована от прозвища Куковенец, восходящего к топониму Куковино. Так называется населенный пункт в Тверской области. Вероятно, прозвище Куковенец указывает на место, родом из которого был человек. Так могли назвать выходца из Куковино. Возможно также, что прозвище Куковенец восходит к глаголу «куковать», то есть «кричать кукушкой». Можно предположить, что Куковенцем прозвали того, кто умел изображать голоса птиц. Не исключено, что именование Куковенец этимологически связано с существительным «куковка» - «палица, дубина». Вероятно, прозвище Куковенец отражает род деятельности его носителя. Так могли назвать того, кто изготавливал дубины, или того, кто был воином. Кроме того, именование Куковенец может быть связано с нарицательным «куковина» со значением «бородавка». Видимо Куковенцем прозвали того, кто имел бородавку крупного размера или причудливой формы. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Куковенец, со временем получил фамилию Куковенцев.