Фамилия Кулижанова — женская форма фамилии Кулижанов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Самая вероятная версия образования — от прозвища или имени Кулижан, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому имени Кули (Кулы) — «раб Божий», «слуга» (часто в составе сложных имён) и персидскому Джан — «душа», «жизнь». Таким образом, имя Кулижан можно перевести как «раб Божий с чистой душой» или «слуга, дорогой как душа». Это типичная для тюркских народов модель сложения двух корней, где второй компонент — Джан — придаёт имени ласкательный, почтительный оттенок.

Суффикс -ов в основе фамилии (Кулижан-ов) указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кулижанов, то есть сын или потомок Кулижана. В женском роде окончание меняется на -а. Такие фамилии массово возникали в XVI–XIX веках, когда русские писцы и священники адаптировали иноязычные имена под привычную форму.

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «кулижан» — так в некоторых говорах могли называть человека, живущего на кулиге (лесной поляне, расчищенной под пашню). Однако эта гипотеза слабая: слово «кулижан» не фиксируется в словарях как самостоятельное, а тюркское имя даёт более прямое и логичное объяснение.

Географически фамилия Кулижанова с наибольшей вероятностью распространена в регионах с исторически смешанным русско-татарским или башкирским населением — в Поволжье, Приуралье, Западной Сибири. Встречается она нечасто, что говорит о её относительно локальном бытовании. Носительницы этой фамилии, скорее всего, потомки крещёных татар или башкир, принявших русскую фамильную модель, либо русских, взявших в основу фамилии тюркское имя предка.

Мужской вариант — Кулижанов — стоит в том же ряду, что и более известные фамилии Кулиев, Куликов (от Кули), Кулжанов. Разница лишь в том, что Кулижанов сохранил полную форму имени с ласкательным компонентом, что делает его ценным свидетельством ономастической истории — как имя человека превратилось сначала в прозвище рода, а затем в официальную фамилию.