Фамилия Кундукпаева почти наверняка происходит из тюркских языков, скорее всего из казахского или другого языка кыпчакской группы. В её основе лежит мужское личное имя или прозвище Кундукпай, а суффикс -ев (в женском роде -ева) — это русский патронимический суффикс, который добавляли при оформлении фамилий в документах. Корень «кундук» в тюркских языках имеет несколько значений: это может быть «бобр» (кундыз/кундук) — ценный пушной зверь, либо слово, связанное с понятием «солнечный» (от «кун» — солнце). Вторая часть «пай» (бай) в тюркских именах означает «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, Кундукпай — это сложносоставное имя, которое можно перевести как «богатый бобром» (указание на охотничий промысел или владение пушниной) или «солнечный богач» (почётное именование).

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев указывает на принадлежность отцу (Иван — Иванов), здесь он приставлен к целому тюркскому имени. Это типичная модель для фамилий, которые фиксировались в Российской империи у народов Средней Азии и Казахстана в XIX–XX веках. Окончание -а (Кундукпаева) указывает на то, что носительница фамилии — женщина; мужской вариант — Кундукпаев.

Фамилия редкая и территориально привязана к регионам с казахским населением: её носители встречаются в Казахстане, а также в приграничных областях России (Оренбургская, Астраханская, Алтайский край). Скорее всего, предки Кундукпаевых были скотоводами или охотниками, а имя Кундукпай дали либо в честь удачливого добытчика пушнины, либо как пожелание богатства. В ономастических справочниках по тюркским фамилиям эта основа не описывается как широко распространённая, что делает её особенно интересной для локальной истории.