Фамилия Кундюкова — женская форма от Кундюков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов здесь нестандартна: основа не на твёрдый согласный (как в Иванов), а на -юк. Этот формант характерен для украинских и южнорусских фамилий, где -юк (уменьшительно-патронимический суффикс) означал «маленький, сын такого-то». То есть Кундюк — это уменьшительное от личного имени или прозвища Кунда.

Само прозвище Кунда — редкое. В словарях восточнославянской ономастики (например, у Веселовского) встречаются «Кунда» как вариант имени Кондратий (через народное Кундрат) или же как самостоятельное прозвище от диалектного «кунда» — неуклюжий, неповоротливый человек. Есть и более экзотическая версия: в тюркских языках (татарском, башкирском) «кун» означает «день», а «кунда» — «дневной, относящийся к дню». Учитывая, что фамилия Кундюковы встречается в Поволжье (особенно в Самарской и Ульяновской областях), где веками жили рядом русские и тюркские народы, смешанное происхождение вполне вероятно.

География подсказывает: основная масса Кундюковых — из бывшей Симбирской губернии. Там могли быть и крестьяне, и однодворцы (государственные крестьяне, потомки пограничной стражи). Суффикс -юк в русской среде часто «обрусел»: украинский переселенец Кундюк становился Кундюковым по документам, или же местные жители сами образовывали фамилию по продуктивной модели.

Таким образом, носительница фамилии Кундюкова может вести род от человека по прозвищу Кунда (неуклюжего или, наоборот, Кондратия в просторечии), а сама фамилия закрепилась в Среднем Поволжье, возможно, не без тюркского влияния. Сословного барьера у неё не было — встречается и у крестьян, и у мещан.