Фамилия Кунденко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «маленький» или «сын» (то есть «сын Кунды»), а со временем закрепился как фамильный, утратив прямое родственное значение. Основа фамилии — прозвище Кунда, и здесь есть сразу несколько версий происхождения, ни одна из которых не выглядит надуманной.

Самая прямая версия связывает Кунду с польским словом kunda — «куница». Прозвище могли дать человеку, напоминавшего этого зверька повадками: хитростью, льстивостью, ловкостью. В славянской традиции зооморфные прозвища — обычное дело, и куница нередко фигурирует в народных характеристиках.

Вторая гипотеза выводит Кунду из нижненемецкого kunde — «родной», «знакомый». Такое прозвище могло закрепиться за близким родственником или, напротив, пришлым человеком, которого приняли в семью. Немецкое влияние на украинские земли — не редкость, особенно в западных регионах и через посредничество польского языка.

Третья версия — топонимическая. Река Кунда впадает в Финский залив, а на её берегу стоит одноимённый эстонский город. Название, возможно, восходит к эстонскому kund — «пашня». Если предок носителя фамилии был выходцем из тех мест, прозвище Кунда могло указывать на его географическое происхождение. Эта версия менее вероятна для украинской фамилии, но полностью исключать её нельзя: перемещения людей в Российской империи были разнообразными.

Фамилия фиксируется в документах. В Книге памяти Самарской области записан украинец Кунденко Михаил Григорьевич, родившийся в 1901 году в Харьковской губернии. Эта запись — прямое подтверждение украинского корня фамилии и её бытования в восточной Украине.