Фамилия Кундины (в форме мужского рода — Кундин) образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность к предку: «чей?» — Кундин, то есть сын или потомок Кунди. Основа — прозвище Кундя.

Ключ к прозвищу — слово «куна». В Древней Руси так называли куницу, чей мех был ходовой товарной единицей. Позже «куной» стала называться и денежная единица: куньи мордки использовали при расчётах. Человек, связанный с меховым промыслом — добытчик, скорняк или купец, — мог получить прозвище Кундя. Отсюда и фамилия.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с рекой Кунда, которая впадает в Финский залив на территории современной Эстонии. Эта гипотеза слабее, поскольку топонимическая привязка к небольшой реке, не входившей в зону активного расселения восточных славян, маловероятна для массовой фамилии. К тому же суффикс -ин реже образует фамилии от географических названий — для этого типичнее суффиксы -ский или -цев.

Фамилия Кундин фиксируется в разных регионах России, но чаще встречается в старых русских областях — на севере и в центральных губерниях, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не прибалтийско-топонимическое происхождение.

Таким образом, носители фамилии Кундины, скорее всего, происходят от предка, чьё прозвище Кундя было связано с меховой торговлей или добычей пушнины — занятием, которое на Руси ценилось и давало прозвища многим родам.