Фамилия Кундина, скорее всего, образована от прозвища Кундя. Его основа — древнерусское слово «куна», которым называли куницу, её ценный мех и даже денежную единицу. Натуральный обмен мехом был распространён на Руси, поэтому прозвище мог получить либо охотник на куниц, либо торговец пушниной. Менее правдоподобна версия, связывающая фамилию с названием реки Кунда, впадающей в Финский залив: предок мог жить на её берегах, но такое объяснение уступает по убедительности «меховому» корню.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кундина — «дочь или жена Кунди», а в более широком смысле — потомок человека с прозвищем Кундя. Эта модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имён и прозвищ на твёрдый согласный, вариант Кундин (с ударением на первый слог) встречается реже, но тоже возможен; форма Кундина — женская версия фамилии, закрепившаяся как неизменяемая в документах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Куницын, Кунаков, Кунаев, — то Кундина стоит особняком из-за суффикса -ин и прозвищного происхождения. В словарях (например, у Б. Унбегауна) такая модель описывается как типичная для прозвищ, связанных с животным миром и торговлей. Таким образом, предок носителя фамилии Кундина с высокой вероятностью имел дело с пушниной — добывал, обрабатывал или продавал куний мех, за что и получил прозвище, перешедшее в фамилию.