Фамилия Кундывус — редкий случай, когда исходное прозвище практически не затушевано суффиксами. В ней нет привычного -ов, -ин или -ский, которые «русифицировали» бы звучание. Перед нами, скорее всего, застывшая форма прозвища, которое дали человеку по характерному поведению или внешности. Разбирать здесь нужно не столько суффикс, сколько сам корень.

Основа фамилии — «кундывус» — с высокой вероятностью восходит к украинскому или южнорусскому диалектному слову «кундывый», что значит «короткий», «куцый» или «обрубленный». В переносном смысле так могли назвать человека низкого роста, с короткой шеей или, например, того, кто носил короткую, не по обычаю, одежду. Суффикс -ус в южнорусских и украинских фамилиях нередко встречается как экспрессивное окончание прозвищ (сравните: Грызус, Вернидубус, хотя там он может быть и латинизированным). В случае Кундывус это, вероятно, просто часть слова, а не искусственное окончание.

Географическая привязка фамилии — юго-запад России, исторические области Украины и Беларуси, где была распространена «кунда» (короткая одежда, куртка) и производные от неё прозвища. Фамилия могла возникнуть в среде казачества или крестьянства: прозвище давали метко, по заметной черте, и оно закреплялось за родом. Встречаются варианты написания: Кундывус, Кундывусов, где более поздняя русификация добавила суффикс принадлежности.

Других версий, связывающих фамилию с тюркскими корнями (например, «кун» — день, солнце) или с латинским «condivus» (разделяющий), нет серьёзных оснований. Слишком простое и бытовое звучание исходного слова — «кундывый» — не оставляет пространства для экзотических этимологий. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми невысокими, коренастыми или просто получили прозвище за какую-то «куцую» деталь облика — и прозвище пережило века.