Фамилия Куникин — типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Куникин буквально значит «сын (или потомок) Куники». В центре внимания — прозвище Куника, а вот его происхождение вызывает споры, и единой версии здесь нет.

Самая прямая версия отсылает к слову «куница». Прозвища по названиям животных в старину давали охотникам — ловким и опытным, промышлявшим пушнину. Куника — это человек, который либо сам отлично ловил куниц, либо торговал их мехом. Второй вариант: предок был зажиточным купцом, торговавшим дорогим мехом. Эта версия выглядит убедительно, так как куница была ценным промысловым зверем, а прозвища, связанные с ремеслом или занятием, были одними из самых распространённых.

Другая версия выводит прозвище из тюркского «qonaq» — «гость». На Руси так могли называть хорошего знакомого, частого гостя в доме или приветливого человека. Эта гипотеза менее вероятна: тюркские заимствования чаще встречаются в фамилиях южных и восточных регионов, а прозвище Куника по звучанию ближе к славянской лексике.

Третья, самая редкая версия, отталкивается от диалектного глагола «кунять» — дремать сидя, клевать носом. В этом случае Куника — шутливое прозвище сонливого, медлительного человека. Такие прозвища от глаголов тоже встречались, но обычно они образовывались от более употребительных слов (Зевака, Дрема), а «кунять» — слово диалектное, локальное.

Фамилия Куникин — памятник не столько «славянской культуры» вообще, сколько конкретной словообразовательной традиции, где прозвище становилось родовым именем. Точное время и место её возникновения без генеалогического исследования не установить: фамилия могла появиться в разных регионах независимо, если там жили люди с прозвищем Куника.